“稅率不一”、“重復征稅”等稅收方面的問題，一直是物流企業尤其是中小物流企業反響強烈的問題，影響了公平競爭的稅收環境，制約了小規模物流企業的發展。據悉，現行營業稅的稅目將物流業務劃分為運輸與服務兩大類，運輸類(裝卸、搬運等)的營業稅稅率為3%，服務類(倉儲、配送、代理等)的營業稅稅率卻為5%。在實際經營中，綜合型物流企業各項業務上下關聯，很難區分運輸與服務收入，各類業務稅率不同，不僅有礙于企業的一體化運作，也不利于稅收征管。另外，物流行業還存在不同環節重復納稅等問題。
即將出臺的物流振興細則，有望統一稅率，減少物流業各環節的營業稅。目前，有關人士普遍認同3%的比率。除了統一營業稅稅率外，國家還考慮在三年規劃期內，對物流企業給予優惠的稅收策，具體包括：給予物流企業營業稅優惠策，幫助物流企業渡過難關;對物流企業所得稅實行按照一定比例先征后返的政策，返還稅金作為企業發展的專項基金;對購置物流設施設備的進項增值稅予以返還，對國內急需的進口大型物流設備給予關稅減免;允許物流設施設備加速折舊并予以稅前列支;簡化國有大型物流企業(企業集團)內部資產調撥、股權轉讓、重組并購等行為的審批程序，免除相關環節稅金。
此外，在土地、車輛管理、改善行政管理、資源整合、技術創新等方面，細則也將有進一步的規范。根據國家發改委經濟運行調節局公布的數據，2009年物流業收入較2008年略有增長，但物流企業效益繼續下滑。其中，2009年前三季度物流企業主營業務利潤下降17%，近六成物流企業利潤額同比負增長，近一成企業虧損。
行業立法將提速,相比于困擾物流企業的稅收、土地政策等問題，更為緊要的是我國至今還沒有一部專門的、統一的物流法，現有規范多以辦法、規定和通知的面目出現，散見于各個領域，不僅效力層級低，還存在著不協調和沖突的現象。因為，缺少統一的專門立法和標準規范，物流領域的法律糾紛此起彼伏。
中國物流學會副會長王健指出，目前我國亟須一部法律法規對發展物流產業進行宏觀指導，同時也需要政府相關部門抓緊制定出臺配套措施、實施細則來彌補物流法律法規不夠具體、缺乏約束性的不足。
中國法學會委托北京交通大學和鐵道部經濟規劃研究院，對中國物法律制度進行研究。參與該課題研究的有8位法律學者，經過實地調研和遍覽國外物流法律制度后，該課題目前已經完成。
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